Účinek magnetronu bude výrazně snížen, pokud je materiál terče magnetický, protože siločáry magnetického pole jsou stíněny materiálem terče a je obtížné přes něj procházet a vytvářet magnetické pole nad povrchem materiálu terče. rozprašováním magnetických materiálů musí být magnetické pole magnetronového terče na jedné straně silnější a materiál terče musí být na druhé straně tenčí, aby jím umožnil průchod siločar magnetického pole a vytvořil magnetronový efekt nad povrchem terče.
Podle použitého zdroje energie lze magnetronové naprašovací zařízení obecně rozdělit na stejnosměrné naprašování a vysokofrekvenční naprašování. Během DC magnetronového naprašování je mezi substrátem anody a katodovým terčem přiváděno stejnosměrné napětí. Vlivem elektrického pole kation bombarduje cíl a jeho rychlost rozprašování je často poměrně vysoká. Stejnosměrné rozprašování se však často používá pouze pro kovové cíle, protože u izolátorových terčů dochází k takzvané „otravě terče“. tím, že se kladné částice hromadí na povrchu terče, což má za následek klesající rychlost naprašování. Princip magnetronového naprašování je následující: jak se elektrony urychlují a letí k substrátu pod vlivem elektrického pole, srážejí se s atomy argonu a ionizují Obrovské množství atomů argonu a elektronů při tom. Pod vlivem elektrického pole urychlují ionty argonu ostřelování cíle a rozprašují mnoho atomů cíle. Neutrální cílové atomy (nebo molekuly) jsou pak ukládány na substrát za vzniku filmu. Jak se urychlují a létají k substrátu, sekundární elektrony jsou omezeny v oblasti plazmatu blízko povrchu cíle Lorenovou magnetickou silou magnetického pole. .
Tato oblast má velmi vysokou hustotu plazmatu. Magnetické pole je všude kolem sekundárních elektronů. Povrch terče se otáčí v kruhu. Dráha pohybu elektronu je velmi dlouhá. Při pohybu se neustále sráží s atomy argonu, což způsobuje ionizaci vysokého počtu argonových iontů a bombardování cílového materiálu. Energie elektronů po několika setkáních neustále klesá a uvolňuje je z omezení magnetických siločar. případně uloženy na substrát poté, co byly odstraněny z cíle.
